A történet valamikor a távoli jövőben játszódik. Az emberiség elhagyva a Földet valamilyen oknál fogva kettévált és a férfiak és nők idővel egymás ellenségei lettek. Ez 3 generációval a történet kezdete előtt volt és mostanra a fiatalok már el is felejtették, hogyan néz ki a másik nem.

Mikor a férfiak új űrhajójukat készülnek csatarendbe állítani, fedélzetén a legújabb fejlesztésű Vanguardokkal (harci óriásrobot), egy női kalózcsapat elrabolja az orruk elől. A hajót megszálló nőkön kívül 3 férfi marad a fedélzeten. Egy orvos, a hajó navigátora és egy Harmadosztályú Városlakó, Hibiki, aki felosont a fedélzetre, hogy kipróbálhassa a Vanguardot, amit ő készített a gyárban, ahol dolgozott. A nők persze elfogják őket, és börtönbe kerülnek, de mikor ismeretlen idegenek támadnak rájuk, az ő segítségükre is szükség van a védekezéshez. Hibiki harcba indul Vanguardjával, és mikor már mindenki azt hinné, hogy vesztettek, óriásrobotja valamilyen módon összekapcsolódik Dita (egy UFO mániás lány, akivel kicsit korábban találkozott) Dread-jével (így hívják a nők vadászgépeit) és egy újfajta harci gépezet jön létre. Ez lesz a Vandread, melyhez egy nő és egy férfi együttműködése kell, és amely jóval nagyobb erővel bír, mint az azt alkotó két fél.

A sorozat lényegében arról szól, ahogy a két nem megpróbál kijönni egymással több, de inkább kevesebb sikerrel, és amely gyakran szül mókás helyzeteket.