Kamina Ayato �tlagos gimnazista, egy nem �tlagos vil�gban. Valamivel kor�bban a Mu-nak nevezett ellens�ges l�tforma megt�madta a F�ldet, �s csup�n Toki� �s annak k�zvetlen k�rnyezete maradt �ps�gben, a vil�g t�bbi r�sze elpusztult.

Egyszer k�l�n�s rep�l�g�pek jelennek meg Toki� eg�n, �s a helyb�liekre t�madnak. A katonas�g tehetetlen, de ekkor lebeg� �ri�srobotok (Dolem-ek) t�nnek fel, melyek k�nny�szerrel elpuszt�tj�k az ellens�get. Ayato v�gign�zi az eg�szet, �s id�k�zben egy k�l�n�s n�vel is megismerkedik. Mikor a fi�t �lt�ny�s alakok (a korm�ny emberei) t�madj�k meg, a titokzatos n�, Haruka menti meg. A megsebes�lt �gyn�k�k v�re azonban k�k, nem v�r�s.

Ayato elhagyja Toki�t az �g�rettel, hogy megtudhatja az igazs�got a vil�gr�l. H�t meg is tudja. A k�ls� vil�g nem semmis�lt meg, s�t. A Mu vette hatalm�ba Toki�t egy k�l�n�s v�d�pajzzsal elv�lasztva a k�lvil�gt�l (a k�lseje miatt Toki� Jupiternek nevezik most), mely megg�tolja a ki- �s bejut�st. Nemcsak az �l�l�nyekt�l v�d ez, de az id�t is lelass�tja. A pajzson bel�l hatszor lassabban telik az id�.

Az emberek persze vissza akarj�k h�d�tani Toki�t, amit a Mu elfoglalt. Ez viszont nem megy k�nnyen, mivel az ellens�g Dolem-jei hatalmas erej�ek. A t�mad�saikat is csak Ayato �ri�srobotja, RahXephon seg�ts�g�vel k�pesek elh�r�tani. Vizsg�latok ut�n kider�l, hogy Ayato is Mu, hab�r v�r�s a v�re. A vezet�s csak az�rt t�ri meg a 17 �ves fi�t, mert � az egyetlen, aki bevethet� a Dolem-ek ellen.

K�zvetlen ismer�sei viszont nem tudj�k a fi� titk�t, �gy hamar befogadj�k maguk k�z�. Haruka h�z�ba k�lt�ztetik Ayat�t, ahol Haruk�n k�v�l annak h�ga, Megumi �s b�csik�juk �l. Egy ideig j� is �gy minden.

De id�vel minden megv�ltozik. Ayato titk�t p�ran megtudj�k, �s a fi� �gy �rzi, �rt�ktelen, senkinek sincs r� sz�ks�ge, ez�rt fel�led benne a honv�gy. V�g�l vissza is t�r a Toki� Jupiter belsej�be, amit valaha otthon�nak tartott. Viszont odabent m�r nem a r�gi vil�ga fogadja. A h�bor�s esem�nyek miatt az eget Dolem-ek lepik el, hab�r az itt lak�k nem l�tj�k �ket a szellemi befoly�sol�s miatt. Amint Ayato nyom�ra bukkanak, elfogj�k, begy�gyszerezik �s megpr�b�lj�k az oldalukra �ll�tani.

Szabadul�s�ban Mishima, a RahXephon egys�g lelk�nek kivet�l�se, �s iskolai bar�tja, Hiroko seg�ti. A fi� v�g�l visszat�r a k�ls� vil�gba, de a h�bor�t nem hagyhatja maga m�g�tt. Az esem�nyek felgyorsulnak, a h�bor� a tet�pontj�hoz �r. Ayat�nak eggy� kellene v�lnia RahXephonnal, istenk�nt �jj�sz�letve. A fi�t viszont k�ts�gek gy�trik, nem tudja elhat�rozni mag�t. Hogy v�g�l hogy d�nt, �s hogy mi lesz a h�bor� szaggatta vil�ggal, az kider�l a sorozatb�l.