A t�rt�net 2015-ben j�tsz�dik 15 �vvel a "Second Impact" ut�n. A vil�g fel�p�lt a katasztr�f�b�l, de �jabb dolog fenyegeti az emberis�get: az Angyalok (hatalmas, vagy mikroszkopikus m�ret� ismeretlen teremtm�nyek). Az Angyalok c�lja az emberis�g elpuszt�t�sa. Az Angyalok ellen egy NERV nev� titkos szervezet kifejleszti a hat�sos fegyvereket: a humanoid harci g�peket, az "Evangelion"-okat. Az EVA-knak sz�ks�g�k van pil�t�kra, melyek 14 �ves gyerekek, mivel csak �k k�pesek az EVA-kkal val� �sszehangol�d�sra �s ez�ltal az ir�ny�t�sukra..

Ikari Shinji az egyik EVA-pil�ta, a NERV parancsnok�nak, Ikari Gendo-nak a fia. Anyja rejt�lyes hal�la ut�n apja is elhagyta, �s nevel�sz�l�kre b�zta. Majd hirtelen az egyik EVA pil�t�ja lesz, �s ez�ltal beleker�l az emberis�g fennmarad�s��rt v�vott harcba. Shinji-t lelki probl�m�k gy�trik, melyekkel ugyan�gy meg kell k�zdenie, mint az Angyalokkal. De ebben seg�ts�g�re vannak pil�ta t�rsai, Ayanami Rei, a sz�tlan, minden parancsnak engedelmesked�, l�tsz�lag �res, lelketlen l�ny, �s Soryu Asuka Langley, a hiperakt�v, hangos, b�szke, tipikus 14 �ves l�ny. �s m�g�tt�k �llnak a NERV szem�lyzetei (Misato, Kaji, Ritsuko), oszt�lyt�rsai (Suzahara, Aida) �s persze az Evangelionok. Mindek�zben pedig a h�tt�rben folyamatosan bontakozik ki a t�rt�net f� sz�l�t k�pez� terv, az "Emberis�g T�k�letes�t�s�nek Terve".

A Neon Genesis Evangelion egy pszichol�giai dr�ma. A t�rt�net meglehet�sen �sszetett (Shinji lelki bajai, Asuka t�rt�nete, az EVA-k titokzatoss�gai, �s m�g sorolhatn�m), �s az elej�n oly tetszet�s cselekm�nyekr�l fokozatosan �ttev�dik a szerepl�k lelkivil�g�ra. Az utols� r�szekben az "�N vil�g�nak" megismer�se ink�bb a f� c�l. Enn�lfogva a sorozat sok ember sz�m�ra �rthetetlen, de legal�bbis nehezen k�vethet�. Val�sz�n�leg a kiemelked� min�s�g� akci�jelenetek mellett ez a m�sik ok, ami�rt e sorozat hatalmas rajong�t�borra tett szert.